Avrupa'daki Müslüman kitleye İslam dinini akademik bir ortamda öğretme amacıyla 2001 yılında kurulan üniversitemiz 2006 yılı itibariyle bünyesinde Uzaktan Eğitim programını başlatmış, 2007 yılında ise Brüksel’de örgün eğitim olarak şubesini açarak uluslararası bir hüviyet kazanmıştır.
Avrupa'da İslam dininin öğretilmesine yönelik birçok proje ve eğitim çalışmaları bulunmasına rağmen maalesef bu tarz çalışmalar çeşitli sivil toplum kuruluşlarının dar çerçevesiyle sınırlı kalmış, bazı kurum ve kavramların akademik bir şekilde tartışılıp okutulmasında ilerleme sağlanamamıştır. Dar kalıplardan sıyrılarak İslam dininin bilimsel yöntem ve araştırma usulleri ve özgür bir düşünce yapısıyla öğretilmesinde ciddi bir boşluk oluşmuştur. Bunun yanı sıra Avrupa Birliği sürecinde ülkeler arasında sınırların kalkması, küreselleşmeyle birlikte birçok kavramın yeniden tartışılmaya başlanması, dünya genelinde İslam dininin ciddi bir şekilde araştırılması gibi sâikler, dini bilen ve hakkında konuşabilecek düzeyde bilimsel bir birikime sahip insanların yetiştirilmesi ihtiyacını doğurmuştur.
Avrupa İslam Üniversitesi Avrupa'da yaşayan kitleye, İslam'ı öz kaynaklarından anlatabilecek ciddi bir akademik disiplinle yetişmiş öğrencileri hazırlama düşüncesiyle projesine başlamıştır. Uzun vadede İslami ilimlerin her birinin lisans düzeyinde farklı birer fakülte yapılanmasıyla öğretilmesini hedefleyen üniversite, başlangıçta birçok maddi sıkıntı ve fizikî yetersizliklere rağmen 2010 yılı itibariyle bünyesinde ön lisans (mahad) programlarının uygulandığı bir yüksek okul, lisans öğretimi yapılan üç fakülte ve yüksek lisans ve doktora çalışmaların yapıldığı bir araştırma merkezi bulundurmaktadır. Üniversite bugün Belçika ve Hollanda’da 50 akademisyen ile 450 öğrenciye örgün eğitim hizmeti sunarken 1000 kadar öğrenciye de farklı ülkelerde uzaktan eğitim imkanı sunmaktadır.
İmzalamış olduğu uluslararası anlaşmalar ve işbirliği protokolleri ile mezunlarına iş imkânları ve farklı üniversitelerde lisans üstü eğitimlerini tamamlama imkânı sağlamayı hedefleyen üniversite yönetimi konuyla ilgili ciddi girişimlerde bulunmuştur. Farklı sivil toplum kuruluşları ve özel eğitim kurumları ile görüşerek öğrencilerin kendi ülkelerinde yaşamış oldukları diploma denklik sorununu aşmayı büyük ölçüde başaran üniversitemiz, şubelerinin farklılığını bir avantaja çevirmiş, bünyesinde Hollandaca, Fransızca, Türkçe ve Arapça olarak eğitim verebilmeyi başarmıştır.
Avrupa İslam Üniversitesi, bünyesinde öğrencilerinin yapmış olduğu sosyal faaliyetler, kulüp çalışmaları, aktif işleyen öğrenci meclisleri ve yurt dışı yaz okulu projeleri ile kendi alanında aynı eğitimi veren üniversitelerden bir adım önde olmayı başarmıştır.
Bünyesinde sosyal destek ve psikolojik danışmanlık bürolarını açan üniversite, öğrencilerin sadece öğretimi ile ilgilenmekle sınırlı kalmamış, aynı zamanda öğrenci ve öğrenci ailelerine ruh dünyaları ile ilgili yaşamış oldukları sorunlarda yardımcı olmaya çalışmıştır.