概観大学全体日本で初めて設立された私立の農学校であり、現在、農学を専門に扱う日本で唯一の大学である。東京農工大学、農業者大学校、日本の各道府県にある農業大学校とは名称が類似しているが特に関係はない。建学の精神（校訓・理念・学是）農大の前身である東京農学校の初代学長横井時敬は「稲のことは稲に聞け、農業のことは農民に聞け」や「農学栄えて農業亡ぶ」といった言葉を残した。これは観念論を排して実際から学ぶ姿勢を重視し、学問のための学問を排した『実学主義』を重視することを表しており、現在も農大は「実学主義」を教育理念とし、「人物を畑に還す」（昨今の国際化社会に伴い、「人物を世界の畑に還す」とする場合もある。）と「農業後継者や地域社会の担い手の育成」を最大目標としている。教育および研究日本唯一の農学専門大学であり、現在では従来の農学に加え、生命科学、環境科学、情報科学の分野も扱っている。環境問題へ積極的に取り組むことも目的としており、全キャンパスで「ISO14001」の認証を取得している。応用生物科学部菌株保存室には細菌や酵母などの微生物約7000株が保存されている。これは世界有数の菌株コレクションである。2004年6月には、河野友宏応用生物科学部バイオサイエンス学科教授らの研究グループは世界で初めて卵子だけで哺乳類（マウス）を発生（単為発生）させることに成功したと科学雑誌「ネイチャー」に発表した。学風および特色校門に掲げられた校標や大学のパンフレットで使われている「東京農業大学」の文字は棟方志功によるものである。また、応援歌の1つに「青山ほとり」というものがあり、「大根踊り」として世間に知られている。沿革略歴明治時代、北海道開拓に携わった榎本武揚は「日本の力を高めるためには、国内農業の発展が不可欠」、「日本の農業発展のためには、農民の教育が必須」と考えて、1891年に徳川育英会育英黌に農業科を設立した。設立地付近である東京地下鉄飯田橋駅A4番出口前に「東京農業大学開校の地」という碑が存在している。